해결했습니다.
[해결법]
Ubuntu 9.04에는 linux 2.6.28-11 이 들어가므로 이를 받아서 세팅을 변경하고 컴파일 했습니다.
$ sudo -i
# cd /usr/src
# apt-get install kernel-packages
# apt-get source linux-image-2.6.28-11-server
# ln -sf linux-2.6.28 linux
# cd linux
컴파일 전 config 파일을 변경했습니다.
# cp /boot/config-2.6.28-11-server .config
# make menuconfig
변경한 항목중 중요한 것은 아래와 같습니다.
# Processor type and features → Subarchitecture Type (PC-compatible)
---> Generic architecture 선택
# Processor type and features → Support for big SMP systems with more than 8 CPUs
# Processor type and features → Maximum number of CPUs
---> 64 (기본값)
# Processor type and features → High Memory Support
---> 64 (기본값)
이중에서 Processor type and features → Subarchitecture Type (PC-compatible) 부분이랑, 그 부분을 설정해야 나오는 (2.6.28 기준, 2.6.3x에서는 애초에 나와있는) Support for big SMP systems with more than 8 CPUs 부분을 체크해주는게 핵심입니다. 이렇게 하고 커널 컴파일을 하고 적용해주면 6 cores가 잡히더군요. 총 12 cores가 잡힙니다.
드라이버 관련해서는 방법이 있을듯 한데 더이상은 못하겠더라구요.
도움주신 많은 분들께 감사드립니다.