메인보드 회사(제이씨현)에서 보내준 답변이네요..

역시 이곳 회원분들께서 답변해주신 말씀이 정답이었습니다.

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안녕하십니까
제이씨현시스템(주) 고객지원실입니다.

고객님께서 문의해 주신 사항에 대하여 답변드리겠습니다.

우선 해당 메인보드에서 PCI-Express 4배속 슬롯을 사용하게 되는 경우
PCI-Express 1배속을 전부 사용하지 못하게 됩니다.
메뉴얼에서의 블록 다이어그램을 보면
노스브릿지 칩셋인 P965에서 그래픽카드용 PCI-Expresss 16배속 1개 라인이 출력.
사우스브릿지 칩셋인 ICH8R 에서는 PCI-Express 1배속 4개 라인이 출력됩니다.
그래픽카드 장착 후 PCI-Express 1배속을 3개 쓰는 것은 문제가 없으나
4배속 슬롯에 카드를 장착하게 되면 PCI-Express 스위치 단에서 4배속 대역폭을 쓰기 위해
1배속 4개를 합쳐 4배속으로 만들어 주고 칩셋에서 대역폭 제한이 걸리게 됨으로
1배속 슬롯을 모두 사용을 하지 못하게 됩니다.

칩셋에서 PCI-Express 를 4배속 밖에 쓰지 못하는 칩셋의 제한부분은
 현재 출시되는 최신의 칩셋인 P67, Z68 과 같은 메인보드에서도 동일하게 적용되고 있으며
이러한 제한이 없는 칩셋은 X58 외에는 없습니다.
단. 칩셋 제한을 막기 위하여 메인보드 제조사에서 별도의 브릿지를 추가로 장착하여
개선하는 경우도 있습니다.

링크를 걸어주신 한글 메뉴얼의 10페이지와 12페이지를 보시면
10페이지 1-2 특징 요약. 확장 슬롯 부분
3 PCI Express x1 슬롯 (동일한 PCIe 버스를 PCIE_16_2 슬롯과 공유) (주의 3)
12페이지 하단
(주의 3) PCIE_16_2 슬롯을 사용 중인 경우 3 개의 PCI Express x1 슬롯을 사용할 수 없습니다.
으로 문의하신 내용에 대한 부분도 작성되어 있습니다.

해당 메인보드로는 고객님께서 사용하시는 환경을 충족하지 못함으로
4배속으로 통합된 다른 장치를 사용하시기 바랍니다.

USB 3.0 과 SATA3 의 사용 속도와 DDR3 메모리와의 상관 관계는 전혀 없습니다.
SATA3 의 경우 SSD 의 경우에는 속도 차이가 많이 나는 편이지만
일반 하드디스크는 플레터를 회전하는 방식임으로 구조 상 컨트롤러만 바뀌었을 뿐 
실제 속도 차이는 아주 미미한 수준입니다.
USB 3.0 은 아직 컨트롤러마다의 호환성이나 안정화가 되지 않아 제품 별 편차가 큽니다.

SATA2 와 SATA3 의 케이블 차이는 없습니다.
SATA3 케이블이라고 하여 판매하는 제품들이 있으나 단순히 케이블 두께가 조금 더
두꺼운 것 외에는 실제 성능 차이는 없습니다. eSATA 도 동일하게 적용됩니다.

USB 3.0 과 SATA3 의 전송 속도는 이론 상 SATA3 가 빠릅니다.
다만 RAID 를 2개 이상 묶는 경우 AIO 6020PE PCI-E 1x SATA III 확장 컨트롤러에 장착된
마벨 칩셋의 속도 제한폭에 걸려 어차피 SATA3 의 속도를 발휘하지 못합니다.
(SSD 기준. 일반 하드디스크는 3개째 부터)
속도 향상을 위해서는 메인보드를 바꾸시는 것이 더 나을 것으로 봅니다.

감사합니다.