yumÀ¸·Î ¼³Ä¡ÇÑ ÆÄÀÏÀº...

   Á¶È¸ 5075   Ãßõ 0    

 안녕하세요

제가 사용하는 프로그램이 "dssp"라는 프로그램을 필요로 해서,

yum 으로 "dssp" 라는 프로그램을 설치했습니다.

그리고는 "dssp"가 있는 경로를 꼭 지정해줘야 하는데, 어디있는지 못찾겠습니다.ㅠㅠ

조언 부탁드립니다.


ªÀº±Û Àϼö·Ï ½ÅÁßÇÏ°Ô.
±èµ¿¼öP 2016-11
which dssp
Çغ¸½Ã¸é °æ·Î¾È¿¡ ÀâÇôÀÖ´Ù¸é À§Ä¡°¡ ³ª¿É´Ï´Ù.
±×·¡µµ ¾È³ª¿À¸é / ¿¡¼­
find * ./ | grep dssp
ÇϽøé À§Ä¡°¡ ³ª¿É´Ï´Ù.
     
³×ÀÌÃÄ 2016-11
[root@atp ~]# find *./ | grep dssp
find: `*./': No such file or directory

yumÀ¸·Î ´Ù½Ã ¼³Ä¡Çغ¸¸é ÀÌ¹Ì ¼³Ä¡°¡ µÇ¾ú´Ù°í ³ª¿À´Âµ¥, ¾Æ¹«¸® ã¾Æµµ ¾ø´Ù°í Çϳ׿ä...
À̸§ÀÌ dssp°¡ ¾Æ´Ñ ´Ù¸¥À̸§À¸·Î ¼³Ä¡°¡ µÈ°Ç°¡¿ä??
yum¿¡¼­´Â dssp¶ó°í µÇ¾îÀִµ¥.... ¤Ð¤Ð ÇÏ·çÁ¾ÀÏ À̰Ŷ«¿¡ ¾Æ¹«°Íµµ ¸øÇÏ°í ÀÖ¾î¿ä ¤Ð¤Ð
          
¹«¾Æ 2016-11
¶ç¿ö¾²±â°¡ À߸øµÈ µí Çѵ¥¿ä.
* ¿Í . »çÀÌ¿¡ ¶ç¿ö¾ß ÇÕ´Ï´Ù.

ÆùÆ® ¶§¹®¿¡ 1lI| ÀÌ ´Ù¸¥ 4±ÛÀÚ°¡ ±¸ºÐµÇÁö ¾ÊÀ» ¼ö µµ ÀÖÀ¸´Ï ±×³É ±èµ¿¼ö´ÔÀÌ ¿Ã·ÁÁØ ¸í·ÉÀ» º¹»çÇؼ­ ³Ö¾îº¸¼¼¿ä.
               
³×ÀÌÃÄ 2016-11
´äº¯ °¨»çÇÕ´Ï´Ù.
´Ù½Ã ÇغÁµµ ¾ÈµÇ³×¿ä À½....
rpm -ql dssp
     
³×ÀÌÃÄ 2016-11
[root@atp ~]# rpm -ql dssp
/usr/bin/mkdssp
/usr/share/doc/dssp-2.2.1
/usr/share/doc/dssp-2.2.1/LICENSE_1_0.txt
/usr/share/doc/dssp-2.2.1/README.txt
/usr/share/doc/dssp-2.2.1/changelog
/usr/share/man/man1/mkdssp.1.gz

ÀÌ·¸°Ô ³ª¿À´Âµ¥ ½ÇÇàÆÄÀÏÀº ¾ø´ÂµíÇØ¿ä ¤Ð
          
/usr/bin/mkdssp  °¡ ½ÇÇàÆÄÀÏÀεí ÇÕ´Ï´Ù¸¸..
               
³×ÀÌÃÄ 2016-11
´äº¯ °¨»çÇÕ´Ï´Ù.
ÀÏ´Ü ÆÄÀÏÀ» ãÀº°Å °°³×¿ä. ÀÌÁ¦ ¼³Á¤À» ¾î¶»°Ô ÇÏ´ÂÁö ã¾ÆºÁ¾ß°Ú³×¿ä
Çѹø¿¡ ½±°Ô µÇ´Â°Ô ¾ø³×¿ä ¤Ð¤Ð °¨»çÇÕ´Ï´Ù.
usr local    etc  var  ¿©±â ¾Æ·¡ÂÊ¿¡ ÆÄÀÏã¾Æº¸¼¼¿ä

¾Æ´Ô ½ÇÇà½ÃÄѼ­ °æ·Îº¸½Ã°í
     
³×ÀÌÃÄ 2016-11
½ÇÇàÀÌ ¾ÈµÇ³×¿ä... ã¾Æº¸·Á°í Ç޴µ¥ ¸øã¾Ò½À´Ï´Ù ¤Ð ²¨À̲¨ÀÌ
ssh 2016-11
$ cd /
$ find -iname dssp*
ÀÌ°Ç ¾î¶°¼¼¿ä?
(which·Îµµ °æ·Î°¡ ¾È³ª¿Â´Ù¸é ¹º°¡ ÀÌ»óÇÑ°Í °°Àºµ¥¿ä?)
     
³×ÀÌÃÄ 2016-11
ÀÌ·¸°Ô Çصµ ¾È³ª¿À³×¿ä.... ¤Ð¤Ð
´äº¯ °¨»çµå¸³´Ï´Ù.
man mkdssp ÇØ º¸½ÃÁö¿ä. ¸Þ´º¾óÀÔ´Ï´Ù.
Á÷Á¢ ¼³Ä¡ÇغýÀ´Ï´Ù...
»ç¿ë¹æ¹ýÀº manpage·Î ÀÚ¼¼È÷ º¼ ¼ö Àֳ׿ä.

# man mkdssp

¾Æ´Ï¸é

# mkdssp -h
mkdssp 2.2.1 options:
  -h [ --help ]        Display help message
  -i [ --input ] arg    Input file
  -o [ --output ] arg  Output file, use 'stdout' to output to screen
  -v [ --verbose ]      Verbose output
  --version            Print version
  -d [ --debug ] arg    Debug level (for even more verbose output)


Examples:

To calculate the secondary structure for the file 1crn.pdb and
write the result to a file called 1crn.dssp, you type:

  mkdssp -i 1crn.pdb -o 1crn.dssp


µµ¿òÀÌ ‰çÀ¸¸é ÇÕ´Ï´Ù.
     
³×ÀÌÃÄ 2016-11
´äº¯ °¨»çÇÕ´Ï´Ù.
Áö±ÝÀº mkdssp ÀÚü´Â ½ÇÇàÀÌ µÇ´Âµ¥,
Á¦°¡ ¾²´Â ÇÁ·Î±×·¥¿¡¼­ ÀÌ°É ÀνÄÇؼ­ ÀÚµ¿À¸·Î µÇ¾î¾ß Çϴµ¥ ±×°Ô ¾ÈµÇ°í ÀÖ³×¿ä ¤Ð¤Ð
          
Áö±Ý »ç¿ë ÁßÀÎ ÇÁ·Î±×·¥À̼­ Àú°É ÀÎ½Ä ÇÏ°Ô ÇÏ·Á¸é,
¸®´ª½º¿¡¼­´Â º¸Åë 2°¡Áö ¹æ¹ýÀÌ »ç¿ë µË´Ï´Ù.

1. ½ÇÇà ½Ã dssp ÆÄÀÏÀÇ °æ·Î ÁöÁ¤
2. config ÆÄÀÏÀÌ Á¸Àç ÇÏ¿© config ÆÄÀÏ¿¡ dssp ÆÄÀÏÀÇ °æ·Î ÁöÁ¤

Ȥ½Ã ¸¸¾à »ç¿ëÇϽŴٴ ÇÁ·Î±×·¥À» ÃÖÃÊ ¼³Ä¡¸¦ ¼Ò½º ¼³Ä¡·Î Çß´Ù¸é,
±× ¶§ dssp °æ·Î¸¦ ÁöÁ¤ ÇØ¾ß ÇÒ ¼öµµ ÀÖ½À´Ï´Ù.
º¸Åë ÀÌ·±°æ¿ì¶ó¸é ÇØ´ç ÇÁ·Î±×·¥ÀÇ ¼³¸í¼­¿¡ ÀÚ¼¼ÇÏ°Ô ³ª¿Í ÀÖ½À´Ï´Ù.
https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_secondary_structure
dssp : Dictionary of Protein Secondary Structure, in short DSSP,
´Ü¹éÁú 2Â÷ ±¸Á¶ »çÀüÀ̶ó³×¿ä.
which mkdssp Çϴµ¥ /usr/bin/mkdssp ¶ó°í ³ª¿ÀÁö ¾Ê³ª¿ä?


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