김동수P 2016-11

which dssp
해보시면 경로안에 잡혀있다면 위치가 나옵니다.
그래도 안나오면 / 에서
find * ./ | grep dssp
하시면 위치가 나옵니다.

네이쳐 2016-11

[root@atp ~]# find *./ | grep dssp
find: `*./': No such file or directory

yum으로 다시 설치해보면 이미 설치가 되었다고 나오는데, 아무리 찾아도 없다고 하네요...
이름이 dssp가 아닌 다른이름으로 설치가 된건가요??
yum에서는 dssp라고 되어있는데.... ㅠㅠ 하루종일 이거땜에 아무것도 못하고 있어요 ㅠㅠ

무아 2016-11

띄워쓰기가 잘못된 듯 한데요.
* 와 . 사이에 띄워야 합니다.

폰트 때문에 1lI| 이 다른 4글자가 구분되지 않을 수 도 있으니 그냥 김동수님이 올려준 명령을 복사해서 넣어보세요.

네이쳐 2016-11

답변 감사합니다.
다시 해봐도 안되네요 음....

파닥파닥 2016-11

rpm -ql dssp

네이쳐 2016-11

[root@atp ~]# rpm -ql dssp
/usr/bin/mkdssp
/usr/share/doc/dssp-2.2.1
/usr/share/doc/dssp-2.2.1/LICENSE_1_0.txt
/usr/share/doc/dssp-2.2.1/README.txt
/usr/share/doc/dssp-2.2.1/changelog
/usr/share/man/man1/mkdssp.1.gz

이렇게 나오는데 실행파일은 없는듯해요 ㅠ

파닥파닥 2016-11

/usr/bin/mkdssp  가 실행파일인듯 합니다만..

네이쳐 2016-11

답변 감사합니다.
일단 파일을 찾은거 같네요. 이제 설정을 어떻게 하는지 찾아봐야겠네요
한번에 쉽게 되는게 없네요 ㅠㅠ 감사합니다.

제라드TN 2016-11

usr local    etc  var  여기 아래쪽에 파일찾아보세요

아님 실행시켜서 경로보시고

네이쳐 2016-11

실행이 안되네요... 찾아보려고 햇는데 못찾았습니다 ㅠ 꺼이꺼이

ssh 2016-11

$ cd /
$ find -iname dssp*
이건 어떠세요?
(which로도 경로가 안나온다면 뭔가 이상한것 같은데요?)

네이쳐 2016-11

이렇게 해도 안나오네요.... ㅠㅠ
답변 감사드립니다.

하셀호프 2016-11

man mkdssp 해 보시지요. 메뉴얼입니다.

미나리나물 2016-11

직접 설치해봤습니다...
사용방법은 manpage로 자세히 볼 수 있네요.

# man mkdssp

아니면

# mkdssp -h
mkdssp 2.2.1 options:
  -h [ --help ]        Display help message
  -i [ --input ] arg    Input file
  -o [ --output ] arg  Output file, use 'stdout' to output to screen
  -v [ --verbose ]      Verbose output
  --version            Print version
  -d [ --debug ] arg    Debug level (for even more verbose output)


Examples:

To calculate the secondary structure for the file 1crn.pdb and
write the result to a file called 1crn.dssp, you type:

  mkdssp -i 1crn.pdb -o 1crn.dssp


도움이 됬으면 합니다.

네이쳐 2016-11

답변 감사합니다.
지금은 mkdssp 자체는 실행이 되는데,
제가 쓰는 프로그램에서 이걸 인식해서 자동으로 되어야 하는데 그게 안되고 있네요 ㅠㅠ

미나리나물 2016-12

지금 사용 중인 프로그램이서 저걸 인식 하게 하려면,
리눅스에서는 보통 2가지 방법이 사용 됩니다.

1. 실행 시 dssp 파일의 경로 지정
2. config 파일이 존재 하여 config 파일에 dssp 파일의 경로 지정

혹시 만약 사용하신다는 프로그램을 최초 설치를 소스 설치로 했다면,
그 때 dssp 경로를 지정 해야 할 수도 있습니다.
보통 이런경우라면 해당 프로그램의 설명서에 자세하게 나와 있습니다.

하셀호프 2016-11

https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_secondary_structure
dssp : Dictionary of Protein Secondary Structure, in short DSSP,
단백질 2차 구조 사전이라네요.

하셀호프 2016-12

which mkdssp 하는데 /usr/bin/mkdssp 라고 나오지 않나요?