비슷한 환경인 거 같아 제 컨픽 남깁니다. 도움 되었으면 하네요.

#HTTP Config
server {
        listen 80;
        listen [::]:80;
        return 301 https://$host$request_uri;
}

#HTTPS Config
server {
        listen 443 ssl;
        listen [::]:443 ssl;

        ###########################
        #SSL KEY FILES
        ###########################
        ssl_certificate [deleted];
        ssl_certificate_key [deleted];
        ssl_dhparam [deleted];

        ssl_trusted_certificate [deleted];
        ###########################

        ssl_protocols TLSv1 TLSv1.1 TLSv1.2;
        ssl_ciphers 'ECDHE-ECDSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-RSA-CHACHA20-POLY1305:ECDHE-ECDSA-AES128-GCM-SHA256:ECDHE-RSA-AES128-GCM-SHA256:ECDHE-ECDSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:DHE-RSA-AES128-GCM-SHA256:DHE-RSA-AES256-GCM-SHA384:ECDHE-ECDSA-AES128-SHA256:ECDHE-RSA-AES128-SHA256:ECDHE-ECDSA-AES128-SHA:ECDHE-RSA-AES256-SHA384:ECDHE-RSA-AES128-SHA:ECDHE-ECDSA-AES256-SHA384:ECDHE-ECDSA-AES256-SHA:ECDHE-RSA-AES256-SHA:DHE-RSA-AES128-SHA256:DHE-RSA-AES128-SHA:DHE-RSA-AES256-SHA256:DHE-RSA-AES256-SHA:ECDHE-ECDSA-DES-CBC3-SHA:ECDHE-RSA-DES-CBC3-SHA:EDH-RSA-DES-CBC3-SHA:AES128-GCM-SHA256:AES256-GCM-SHA384:AES128-SHA256:AES256-SHA256:AES128-SHA:AES256-SHA:DES-CBC3-SHA:!DSS';
        ssl_prefer_server_ciphers on;
        add_header Strict-Transport-Security max-age=15768000;
        ssl_stapling on;
        ssl_stapling_verify on;
        resolver 8.8.8.8 8.8.4.4 valid=86400;
        resolver_timeout 10;

        #Service Config

        server_name [deleted];

        #Let's Encrypt ACME Challenge Config
        location /.well-known {
                allow all;
                root /var/www/letsencrypt_wellknown;
        }

        #Pydio Config
        location / {
                root /var/www/pydio;
                index index.php;
                if (!-e $request_filename){
                        rewrite ^/data/public/([a-zA-Z0-9_-]+)$ /public/$1? permanent;
                        rewrite ^(.*)$ /index.php last;
                }
                location ~* ^/(?:\.|conf|data/(?:files|personal|logs|plugins|tmp|cache)|plugins/editor.zoho/agent/files) {
            deny all;
                }
                location ~ \.php$ {
                                fastcgi_param  GATEWAY_INTERFACE  CGI/1.1;
                                fastcgi_param  SERVER_SOFTWARE    nginx;
                                fastcgi_param  QUERY_STRING       $query_string;
                                fastcgi_param  REQUEST_METHOD     $request_method;
                                fastcgi_param  CONTENT_TYPE       $content_type;
                                fastcgi_param  CONTENT_LENGTH     $content_length;
                                fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME    $document_root$fastcgi_script_name;
                                fastcgi_param  SCRIPT_NAME        $fastcgi_script_name;
                                fastcgi_param  REQUEST_URI        $request_uri;
                                fastcgi_param  DOCUMENT_URI       $document_uri;
                                fastcgi_param  DOCUMENT_ROOT      $document_root;
                                fastcgi_param  SERVER_PROTOCOL    $server_protocol;
                                fastcgi_param  REMOTE_ADDR        $remote_addr;
                                fastcgi_param  REMOTE_PORT        $remote_port;
                                fastcgi_param  SERVER_ADDR        $server_addr;
                                fastcgi_param  SERVER_PORT        $server_port;
                                fastcgi_param  SERVER_NAME        $server_name;
                                try_files $uri =404;
                                fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock ;
                }
                location ~* \.(ico|css|js)$ {
                        expires 7d;
                        add_header Pragma public;
                        add_header Cache-Control "public, must-revalidate, proxy-revalidate";
                }
        }
}

Let's Encrypt 용도로 .well-known 디렉토리 빼서 사용중이라, 실제로 pydio가 잡히는 경로는 아래 location /입니다. 혹시 컨픽 확인해보시고 문제 없는데도 그렇다면 pydio 재설치도 한번 고려해보심이 어떨까 합니다. 파이디오가 자체적으로 도메인이랑 경로 설정을 갖고있으면서 써먹더라고요... 저도 그 덕에 재설치 전까지 리디렉션 걸고 했었습니다 ㅋㅋ...