chis 2018-12

read_file=rmsf_file.read()
후에 반복문 돌리는건 안되나요?

네이쳐 2018-12

그렇게 하니 코드가 작동을 안하네요

rmsf_xvg = "rmsf.xvg"

with open(rmsf_xvg, "r") as rmsf_file:
    residue_number = 0
    for data in rmsf_file:
        column = data.split("  0.")[0]
        residue_number += 1

        read_file = rmsf_file.read()
        edit_file = read_file.replace(str(column), str(residue_number).rjust(5))

        with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:
            rmsf_file.write(edit_file)

이렇게 해서, 첫 번째 column 숫자들을 1부터 다시 시작하게 바꾸려고 하거든요....

배상0원 2018-12

rmsf_xvg = "rmsf.xvg"
with open(rmsf_xvg, "r") as rmsf_file:
  for read_file in rmsf_file:
    print(read_file)

네이쳐 2018-12

이렇게 하면, 첫 번째 줄인 5  0.2148  가 인식은 되는데요,

replace를 하면, 5만 1로 바뀌고 나머지는 안바뀝니다...

배상0원 2018-12

replace 부분을 올려주시죠.

네이쳐 2018-12

rmsf_xvg = "rmsf.xvg"

with open(rmsf_xvg, "r") as rmsf_file:
    residue_number = 0
    for data in rmsf_file:
        column = data.split("  0.")[0]
        residue_number += 1

        read_file = rmsf_file.read()
        edit_file = read_file.replace(str(column), str(residue_number).rjust(5))

        with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:
            rmsf_file.write(edit_file)

이렇게 짜보려고 합니다~~

김제연 2018-12

for data in rmsf_file:
        column = data.split("  0.")[0]
        residue_number += 1

        read_file = rmsf_file.read()
        edit_file = read_file.replace(str(column), str(residue_number).rjust(5))

        with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:
            rmsf_file.write(edit_file)

이렇게 하면 안되는거 같은데요 ..
계속.. 가져 오시는거로 인식하신거 같은데
read_file = rmsf_file.read() 하시면.. 중간중간 건너뛸껍니다.
그리고 오른쪽 소스에서 .. 2번째부터 가져오는건.. data가 첫번째 줄인데 ... read()를 하니 두번째줄을 읽어와서 그런듯 합니다.
파이썬이 안깔려 있어서 ...

윗분 배상0원 님 말씀데로 .. 오른쪽 소스 그대로 가져다 쓰면
for data in rmsf_file
    data 가 한줄 한줄 입니다...
read() 이 .. for 안쪽에 있으면. 엉킬껍니다.

첫줄 -> 에서 ... split 한뒤에  두번째줄 읽어와서 엉뚱한 replace 를 하는듯?

    for data in rmsf_file:
        column = data.split("  0.")[0]
        edit_file = data.replace(str(column), str(residue_number).rjust(5))

        with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:
            rmsf_file.write(edit_file)

이렇게 하시면 될꺼 같네요 ..

네이쳐 2018-12

말씀하신대로 수정해서 하니까, 데이터 파일의 제일 마지막 줄 한줄만 남아있습니다.ㅠ

rmsf_xvg = "rmsf.xvg"
with open(rmsf_xvg, "r") as rmsf_file:
    residue_number = 0     
    for data in rmsf_file:
        column = data.split("  0.")[0]
        residue_number += 1
        edit_file = data.replace(str(column), str(residue_number).rjust(5))
        with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:
            rmsf_file.write(edit_file)

김제연 2018-12

with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:

여기서 여실때 w로 여시지 마시고
with open(rmsf_xvg, "a") as rmsf_file:

로 해보세요 append 입니다.. 추가되는거예요..

네이쳐 2018-12

추가가 되면 안되고 숫자들이 바껴야되서 w로 했습니다~

김제연 2018-12

그걸 상관없습니다 새로운파일 만들고 계속 추가하는거라

아우 파일며믈 틀리게 정해주시고 해보세요

다한다음 덮어쓰거나

네이쳐 2018-12

아~ 넵 알겠습니다~
바로 시도해보겠습니다~ 감사합니다~

네이쳐 2018-12

이거는 어제 밤에 만들었던건데, 일단 원하는대로 파일은 수정이 됩니다.
그런데, 반복문 전 후로 open을 두번하는 이상한 모양인거 같아서 수정하려고 하고있습니다.
(이렇게 하니 데이터가 총 56줄이라서, 56번 반복 작업이 되는거 같네요. 그래도 원하는 대로 수정은 되었습니다.)

rmsf_xvg = "rmsf.xvg"
with open(rmsf_xvg, "r") as rmsf_file:
    residue_number = 0
    for data in rmsf_file:
        with open(rmsf_xvg, "r") as rmsf_file:
            column = data.split("  0.")[0]
            residue_number += 1
            read_file = rmsf_file.read()
            edit_file = read_file.replace(str(column), str(residue_number).rjust(5))
            with open(rmsf_xvg, "w") as rmsf_file:
                rmsf_file.write(edit_file)

배상0원 2018-12

read()는 파일 전체를 읽습니다. 지금은 파일 전체를 읽어서 한 곳을 바꾸고 다시 전체를 기록하는 것은 줄 수 만큼 반복하는거지요.
요즘 컴퓨터가 빠르니 그냥 쓰셔도 괜찮을것 같습니다만...

네이쳐 2018-12

조금씩 공부하면서 수정해봐야겠고, 일단은 그냥 써야겠네요 ㅎㅎ
감사합니다.

timeleaf 2018-12

저라면 읽어온 자료를 list상태에서 수정하고 수정이 끝난 다음 한꺼번에 쓰기 작업 할 것 같네요

네이쳐 2018-12

파이썬 초보라서 어떤 의미인지 잘 와닿지가 않네요 ㅠ

김제연 2018-12

줄을 반복하면서  replace 해서 .. 어떤 변수 에 계속 추가 시킨뒤
56줄을 모두 추가 시킨뒤에 write 를 1번 하는거죠 ..

timeleaf 2018-12

파이썬으로
data_list = []
빈 리스트를 만들고 for문 안에
data_list.append(수정된 줄 string)
이걸 추가해 주고
for문 끝나고 나서
f = open(''rmsf.xvg", "w")
for data in data_list:
    f.write(data+"\n")
f.close()
이런 식으로요

네이쳐 2018-12

알려주신거도 한번 따라해보겠습니다~ 감사합니다.

김제연 2018-12

근데 with open 은 어디서 보셔서 사용하시는건가요?
요즘 그냥
f = open('test.txt', mode='wt', encoding='utf-8')


이런식으로 쓰는거 같은데요 ..
r = open('test.txt', mode='rt', encoding='utf-8')

안쓴지 꽤되서 ..

네이쳐 2018-12

검색하면서 말씀하신 방식도 봤는데, 뭔가 with를 쓰는게 멋있어? 보여서 with를 썼습니다.ㅎㅎ
신경써주셔서 감사합니다~

배상0원 2018-12

#!/usr/bin/env python
import sys
import os

rmsf_xvg  = "rmsf.xvg"
rmsf_out  = rmsf_xvg + ".out"

fin = open(rmsf_xvg, "r")
fout = open(rmsf_out, "w")

residue_number = 1
for data in fin:
  data_array = data.split()
  fout.write("%5i %8.4f\n"% (residue_number, float(data_array[1])))
  residue_number += 1

fout.close()
fin.close()

배상0원 2018-12

혹시 원 파일이 아주 클 경우에 대비해서 조금 바꿨습니다.
어제 질문하신 값의 정수부가 0이 아닌 경우에도 지원합니다.

네이쳐 2018-12

와 잘됩니다~
짜주신 코드도 공부해봐야겠습니다~ 감사합니다.

네이쳐 2018-12

짜주신거 요리조리 해서 바꿔봤습니다~~

residue_number = 1

with open("rmsf.xvg", "r") as read_rmsf, open("rmsf_edited.xvg", "w") as write_rmsf:

    for data in read_rmsf:
        column = data.split()[1]
       
        column1 = str(residue_number).rjust(5)
        column2 = str(column).rjust(9)
        write_rmsf.write(column1 + column2 + "\n")
   
        residue_number += 1