영산회상 2021-06

저는 RNA seq 전문이 아니라서 잘 모르는데 Kallisto 쓸 때 hdd 대신 ssd 쓰니까 alignment (맞나? 아무튼 제일 오래 걸리는 과정이요) fastq 파일당 30분 걸리던게 5분으로 줄었습니다.sata랑 nvme ssd 사이에는 큰 차이 없었고요. 이게 cpu나 메모리 보다 시간에 더 영향 주더군요 -_-;

무아 2021-06

일단 모르면 남들이 하는 것으로 맞추는 것이 좋지않을까요?
그게 아니면 소프트웨어든 하드웨어든 문제가 생겼을 때 가장 잘 지원해줄 곳을 고르는 것이죠.

박문형 2021-06

제조사 홈페이지 보시고 S7070 단종인지 아닌지 확인하세요..

현재 팔리는 최신 시스템은 스케일러블 2세대 입니다..

김황중 2021-06

그닌까요
저도 스펙이 이상하다 생각했네요

Cpu 세대가 2세대나 지난간 모델을 견적 주었다는것은
반듯이 그 머신을 써야만 지원되는 하드웨어가 있어서 일까도 생각해보았네요

다른 벤더는 단종되도 최소 3년이상 된 제품을 견적 주었다는것이
뭔가 사연있는 제품이 아닐까 생각해 봅니다

하셀호프 2021-06

이런 전문 시스템은 사용해 본분 아니면 알기 어렵습니다
될 수 있으면 사용하시던 분의 조언을 받으시기 바랍니다
dell이라 hp를 많이 쓰면 그런 것으로 하시는 것이 좋습니다
새로운 시스템을 정했다가 문제 생기면 어디에 문의하나요
본인이 독박쓸 수 있습니다

김우진 2021-06

de novo assembly도 유전체냐 전사체냐에 따라 요구사항이 다릅니다만... RNA seq 하신다 했으니 전사체 어셈블리로 이해하겠습니다.
결국은 어떤 프로그램을 쓸것이냐, 또한 모델 생물 종의 유전체 크기가 얼마나 큰가가 관건입니다. 초파리급으로 가정했을때 발현량 보는건 Kallisto에
어셈블리는 Trinity나 SPAdes 정도 쓴다고 하면, 옥타코어급에 램 128GB로도 다 됩니다. E5 제온 듀얼에 램 256GB, 하드 4TB 정도만 되면 웬만한건
다 해볼 수 있을 거예요. 하지만 식물이 모델이고 genome guided assembly도 한다면 얘기가 달라질 수도 있겠군요.

제가 현재 전사체 분석용으로 쓰는 컴 중에서 제일 느린 넘은 2690v3 + 128GB + 3TB 인데, 이걸로도 초파리급 데이타는 그럭저럭 다 하고 있습니다.
사실 다운스트림 DEG 분석 정도는 그냥 보통 데스크탑으로도 다 되요.
예전엔 X58 보드에 i7 920, 램 48GB 가지고도 전사체 어셈블리 다 했었습니다. 시간이 며칠씩 걸리는게 문제였지만요.

obbbok 2021-06

전사체 어셈블리고 식물이어서 왠만하면 용량큰게 좋겠네요~