¹ÙÀÌ¿ÀÀÎÆ÷¿ëÀ¸·Î ¼­¹ö °ßÀû¹Þ¾Ò´Âµ¥ ±¦ÂúÀ»±î¿ä?

obbbok   
   Á¶È¸ 2836   Ãßõ 0    

안녕하세요! RNA-seq + de nove assembly 처음시작하게되서 여러군데에서 알아보고 스펙 몇가지를 보냈더니

TYAN 사에서 보내주셨습니다. 그런데 다들 HP나 DELL 쓰시는것 같아서 구매해도 괜찮을까 싶기도 하고 아래같은 사양이면 충분히 제가 원하는 드노브 작업도 가능할지 궁금해서 게시판에 올리게되었습니다.

조언 해주시면 감사하겠습니다. 

E5-XEON 2U Rackmount Server

TYAN S7070GM2NR Server Board 1

Intel XEON E5-2683v4 2.1GHz 16Core : 32 Cores 64 Threads

32G DDR4-19200 REG ECC : 512G

8TB MG06ACA800E Enterprise HDD : 72TB (R5 + HS1)


참고로 식물(나무)이고 어셈블리는 trinity 사용할 예정입니다.

dd
ªÀº±Û Àϼö·Ï ½ÅÁßÇÏ°Ô.
Àú´Â RNA seq Àü¹®ÀÌ ¾Æ´Ï¶ó¼­ Àß ¸ð¸£´Âµ¥ Kallisto ¾µ ¶§ hdd ´ë½Å ssd ¾²´Ï±î alignment (¸Â³ª? ¾Æ¹«Æ° Á¦ÀÏ ¿À·¡ °É¸®´Â °úÁ¤ÀÌ¿ä) fastq ÆÄÀÏ´ç 30ºÐ °É¸®´ø°Ô 5ºÐÀ¸·Î ÁÙ¾ú½À´Ï´Ù.sata¶û nvme ssd »çÀÌ¿¡´Â Å« Â÷ÀÌ ¾ø¾ú°í¿ä. ÀÌ°Ô cpu³ª ¸Þ¸ð¸® º¸´Ù ½Ã°£¿¡ ´õ ¿µÇâ ÁÖ´õ±º¿ä -_-;
¹«¾Æ 2021-06
ÀÏ´Ü ¸ð¸£¸é ³²µéÀÌ ÇÏ´Â °ÍÀ¸·Î ¸ÂÃß´Â °ÍÀÌ ÁÁÁö¾ÊÀ»±î¿ä?
±×°Ô ¾Æ´Ï¸é ¼ÒÇÁÆ®¿þ¾îµç Çϵå¿þ¾îµç ¹®Á¦°¡ »ý°åÀ» ¶§ °¡Àå Àß Áö¿øÇØÁÙ °÷À» °í¸£´Â °ÍÀÌÁÒ.
¹Ú¹®Çü 2021-06
Á¦Á¶»ç ȨÆäÀÌÁö º¸½Ã°í S7070 ´ÜÁ¾ÀÎÁö ¾Æ´ÑÁö È®ÀÎÇϼ¼¿ä..

ÇöÀç Æȸ®´Â ÃֽŠ½Ã½ºÅÛÀº ½ºÄÉÀÏ·¯ºí 2¼¼´ë ÀÔ´Ï´Ù..
     
±èȲÁß 2021-06
±×´Ñ±î¿ä
Àúµµ ½ºÆåÀÌ ÀÌ»óÇÏ´Ù »ý°¢Ç߳׿ä

Cpu ¼¼´ë°¡ 2¼¼´ë³ª Áö³­°£ ¸ðµ¨À» °ßÀû ÁÖ¾ú´Ù´Â°ÍÀº
¹ÝµíÀÌ ±× ¸Ó½ÅÀ» ½á¾ß¸¸ Áö¿øµÇ´Â Çϵå¿þ¾î°¡ À־ Àϱ »ý°¢Çغ¸¾Ò³×¿ä

´Ù¸¥ º¥´õ´Â ´ÜÁ¾µÇµµ ÃÖ¼Ò 3³âÀÌ»ó µÈ Á¦Ç°À» °ßÀû ÁÖ¾ú´Ù´Â°ÍÀÌ
¹º°¡ »ç¿¬ÀÖ´Â Á¦Ç°ÀÌ ¾Æ´Ò±î »ý°¢ÇØ º¾´Ï´Ù
ÀÌ·± Àü¹® ½Ã½ºÅÛÀº »ç¿ëÇØ º»ºÐ ¾Æ´Ï¸é ¾Ë±â ¾î·Æ½À´Ï´Ù
µÉ ¼ö ÀÖÀ¸¸é »ç¿ëÇϽôø ºÐÀÇ Á¶¾ðÀ» ¹ÞÀ¸½Ã±â ¹Ù¶ø´Ï´Ù
dellÀ̶ó hp¸¦ ¸¹ÀÌ ¾²¸é ±×·± °ÍÀ¸·Î ÇϽô °ÍÀÌ ÁÁ½À´Ï´Ù
»õ·Î¿î ½Ã½ºÅÛÀ» Á¤Çß´Ù°¡ ¹®Á¦ »ý±â¸é ¾îµð¿¡ ¹®ÀÇÇϳª¿ä
º»ÀÎÀÌ µ¶¹Ú¾µ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù
±è¿ìÁø 2021-06
de novo assemblyµµ À¯Àüü³Ä Àü»çü³Ä¿¡ µû¶ó ¿ä±¸»çÇ×ÀÌ ´Ù¸¨´Ï´Ù¸¸... RNA seq ÇϽŴ٠ÇßÀ¸´Ï Àü»çü ¾î¼Àºí¸®·Î ÀÌÇØÇÏ°Ú½À´Ï´Ù.
°á±¹Àº ¾î¶² ÇÁ·Î±×·¥À» ¾µ°ÍÀ̳Ä, ¶ÇÇÑ ¸ðµ¨ »ý¹° Á¾ÀÇ À¯Àüü Å©±â°¡ ¾ó¸¶³ª Å«°¡°¡ °ü°ÇÀÔ´Ï´Ù. ÃÊÆĸ®±ÞÀ¸·Î °¡Á¤ÇßÀ»¶§ ¹ßÇö·® º¸´Â°Ç Kallisto¿¡
¾î¼Àºí¸®´Â Trinity³ª SPAdes Á¤µµ ¾´´Ù°í Çϸé, ¿ÁŸÄÚ¾î±Þ¿¡ ·¥ 128GB·Îµµ ´Ù µË´Ï´Ù. E5 Á¦¿Â µà¾ó¿¡ ·¥ 256GB, Çϵå 4TB Á¤µµ¸¸ µÇ¸é À¢¸¸ÇÑ°Ç
´Ù Çغ¼ ¼ö ÀÖÀ» °Å¿¹¿ä. ÇÏÁö¸¸ ½Ä¹°ÀÌ ¸ðµ¨ÀÌ°í genome guided assemblyµµ ÇÑ´Ù¸é ¾ê±â°¡ ´Þ¶óÁú ¼öµµ ÀÖ°Ú±º¿ä.

Á¦°¡ ÇöÀç Àü»çü ºÐ¼®¿ëÀ¸·Î ¾²´Â ÄÄ Áß¿¡¼­ Á¦ÀÏ ´À¸° ³ÑÀº 2690v3 + 128GB + 3TB Àε¥, À̰ɷεµ ÃÊÆĸ®±Þ µ¥ÀÌŸ´Â ±×·°Àú·° ´Ù ÇÏ°í ÀÖ½À´Ï´Ù.
»ç½Ç ´Ù¿î½ºÆ®¸² DEG ºÐ¼® Á¤µµ´Â ±×³É º¸Åë µ¥½ºÅ©Å¾À¸·Îµµ ´Ù µÇ¿ä.
¿¹Àü¿£ X58 º¸µå¿¡ i7 920, ·¥ 48GB °¡Áö°íµµ Àü»çü ¾î¼Àºí¸® ´Ù Çß¾ú½À´Ï´Ù. ½Ã°£ÀÌ ¸çÄ¥¾¿ °É¸®´Â°Ô ¹®Á¦¿´Áö¸¸¿ä.
     
obbbok 2021-06
Àü»çü ¾î¼Àºí¸®°í ½Ä¹°À̾ ¿Ø¸¸ÇÏ¸é ¿ë·®Å«°Ô ÁÁ°Ú³×¿ä~


QnA
Á¦¸ñPage 706/5686
2014-05   4984806   Á¤ÀºÁØ1
2015-12   1520800   ¹é¸Þ°¡
2021-06   4929   ¿¥ÇÃ
2021-06   3450   VSPress
2021-06   1916   »ç¶ûÇ϶ó
2021-06   1963   ³×ÀÌÃÄ
2021-06   2882   ÇÁ¶û
2021-06   5308   negoist
2021-06   2291   ³×ÀÌÃÄ
2021-06   1980   ±è¹Î¼ö2
2021-06   2425   zestyus
2021-06   1894   ¹Ú¹®Çü
2021-06   2475   zestyus
2021-06   2139   ³ª¿ä
2021-06   3062   ¾ç½Ã¿­
2021-06   4305   Åë½Å¹öÇÊ
2021-06   2261   º¸¶ó¸Å
2021-06   2033   ¸í¶û
2021-06   2421   ¸Ó¸®°¨ÀÚ
2021-06   2689   ºñ°¡³»¸®´Â
2021-06   4016   BlueApple
2021-06   1862   Àϸ®ÄÉ