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obbbok   
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안녕하세요! RNA-seq + de nove assembly 처음시작하게되서 여러군데에서 알아보고 스펙 몇가지를 보냈더니

TYAN 사에서 보내주셨습니다. 그런데 다들 HP나 DELL 쓰시는것 같아서 구매해도 괜찮을까 싶기도 하고 아래같은 사양이면 충분히 제가 원하는 드노브 작업도 가능할지 궁금해서 게시판에 올리게되었습니다.

조언 해주시면 감사하겠습니다. 

E5-XEON 2U Rackmount Server

TYAN S7070GM2NR Server Board 1

Intel XEON E5-2683v4 2.1GHz 16Core : 32 Cores 64 Threads

32G DDR4-19200 REG ECC : 512G

8TB MG06ACA800E Enterprise HDD : 72TB (R5 + HS1)


참고로 식물(나무)이고 어셈블리는 trinity 사용할 예정입니다.

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ªÀº±Û Àϼö·Ï ½ÅÁßÇÏ°Ô.
Àú´Â RNA seq Àü¹®ÀÌ ¾Æ´Ï¶ó¼­ Àß ¸ð¸£´Âµ¥ Kallisto ¾µ ¶§ hdd ´ë½Å ssd ¾²´Ï±î alignment (¸Â³ª? ¾Æ¹«Æ° Á¦ÀÏ ¿À·¡ °É¸®´Â °úÁ¤ÀÌ¿ä) fastq ÆÄÀÏ´ç 30ºÐ °É¸®´ø°Ô 5ºÐÀ¸·Î ÁÙ¾ú½À´Ï´Ù.sata¶û nvme ssd »çÀÌ¿¡´Â Å« Â÷ÀÌ ¾ø¾ú°í¿ä. ÀÌ°Ô cpu³ª ¸Þ¸ð¸® º¸´Ù ½Ã°£¿¡ ´õ ¿µÇâ ÁÖ´õ±º¿ä -_-;
¹«¾Æ 2021-06
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¹Ú¹®Çü 2021-06
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±èȲÁß 2021-06
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Cpu ¼¼´ë°¡ 2¼¼´ë³ª Áö³­°£ ¸ðµ¨À» °ßÀû ÁÖ¾ú´Ù´Â°ÍÀº
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±è¿ìÁø 2021-06
de novo assemblyµµ À¯Àüü³Ä Àü»çü³Ä¿¡ µû¶ó ¿ä±¸»çÇ×ÀÌ ´Ù¸¨´Ï´Ù¸¸... RNA seq ÇϽŴ٠ÇßÀ¸´Ï Àü»çü ¾î¼Àºí¸®·Î ÀÌÇØÇÏ°Ú½À´Ï´Ù.
°á±¹Àº ¾î¶² ÇÁ·Î±×·¥À» ¾µ°ÍÀ̳Ä, ¶ÇÇÑ ¸ðµ¨ »ý¹° Á¾ÀÇ À¯Àüü Å©±â°¡ ¾ó¸¶³ª Å«°¡°¡ °ü°ÇÀÔ´Ï´Ù. ÃÊÆĸ®±ÞÀ¸·Î °¡Á¤ÇßÀ»¶§ ¹ßÇö·® º¸´Â°Ç Kallisto¿¡
¾î¼Àºí¸®´Â Trinity³ª SPAdes Á¤µµ ¾´´Ù°í Çϸé, ¿ÁŸÄÚ¾î±Þ¿¡ ·¥ 128GB·Îµµ ´Ù µË´Ï´Ù. E5 Á¦¿Â µà¾ó¿¡ ·¥ 256GB, Çϵå 4TB Á¤µµ¸¸ µÇ¸é À¢¸¸ÇÑ°Ç
´Ù Çغ¼ ¼ö ÀÖÀ» °Å¿¹¿ä. ÇÏÁö¸¸ ½Ä¹°ÀÌ ¸ðµ¨ÀÌ°í genome guided assemblyµµ ÇÑ´Ù¸é ¾ê±â°¡ ´Þ¶óÁú ¼öµµ ÀÖ°Ú±º¿ä.

Á¦°¡ ÇöÀç Àü»çü ºÐ¼®¿ëÀ¸·Î ¾²´Â ÄÄ Áß¿¡¼­ Á¦ÀÏ ´À¸° ³ÑÀº 2690v3 + 128GB + 3TB Àε¥, À̰ɷεµ ÃÊÆĸ®±Þ µ¥ÀÌŸ´Â ±×·°Àú·° ´Ù ÇÏ°í ÀÖ½À´Ï´Ù.
»ç½Ç ´Ù¿î½ºÆ®¸² DEG ºÐ¼® Á¤µµ´Â ±×³É º¸Åë µ¥½ºÅ©Å¾À¸·Îµµ ´Ù µÇ¿ä.
¿¹Àü¿£ X58 º¸µå¿¡ i7 920, ·¥ 48GB °¡Áö°íµµ Àü»çü ¾î¼Àºí¸® ´Ù Çß¾ú½À´Ï´Ù. ½Ã°£ÀÌ ¸çÄ¥¾¿ °É¸®´Â°Ô ¹®Á¦¿´Áö¸¸¿ä.
     
obbbok 2021-06
Àü»çü ¾î¼Àºí¸®°í ½Ä¹°À̾ ¿Ø¸¸ÇÏ¸é ¿ë·®Å«°Ô ÁÁ°Ú³×¿ä~


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