"C:\Users\사용1088;\AppData\Local\QuPath-0.3.0\QuPath-0.3.0 (console).exe" convert-ome -p -d 2 -y 4 a.svs a.tif
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파일명대신 * 를 쓰시면 전체 적용 됩니다
https://docs.microsoft.com/ko-kr/windows-server/administration/windows-commands/forfiles
이런식으로 하면 될 것 같은데
될지 모르겠네요.
forfiles /P 경로 /M *.svs /C " \""C:\Users\사용자\AppData\Local\QuPath-0.3.0\QuPath-0.3.0 (console).exe"\"" convert-ome -p -d 2 -y 4 @FILE @FNAME.tif"
lst2multi 1.3 List to multi-instance converter. This tool can be used together with the button bar in Total Commander to open all selected files with a specific program, with the click of a single button (direct download).
그쪽 포럼에 가봤더니 도스 명령어로 비슷하게 하는 것이 보이네요.
https://ghisler.ch/board/viewtopic.php?t=26688
이렇게 하면 되지 않을까 싶습니다.
(%I는 현재 읽어 들인 파일명(a.svs)이고, %~NI는 현재 읽어들인 파일의 앞부분(BaseName, a)입니다.
하위폴더까지 해야 한다면, for %I IN (*.svs) 부분을 for /r %I IN (*.svs) 해 주시면 됩니다.
만일, 이걸 배치파일로 만드시려면 %I는 %%I로, %~NI는 % %~NI로 하시면 됩니다.
(참고로 %I에서 I는 알파벳 대문자 I(아이)입니다.)
SVS 스캔 파일을 TIF 로 변환할 때 파일 용량이 4GB가 넘어가면 TIFF의 규격 문제로 인하여 오류가 발생합니다. bigTIFF 옵션이 있는 것들도 있는 것 같습니다만..
이미지를 타일 형식으로 편하게 쪼개는 방법에는 open microscopy의 bfconvert를 이용하는 방법이 있고,
reaConverter 로 PNG 포맷으로 변환시킨 후 포토샵으로 변환하는 방법이 있습니다.
CLI가 지원되는 프로그램이면 전 그냥 R에서 파일 목록을 리스트로 만들어서 시스템 명령어로 하나씩 실행되게 해서 해결합니다.
최종적으로 다음과 같이 작성하였습니다.
FOR /R %F in (*.svs) do "C:\Users\사용자\AppData\Local\QuPath-0.3.0\QuPath-0.3.0 (console).exe" convert-ome -p -d 2 -y 4 %~nF.svs %~nF.tif
배치 파일에서는 약간 다르게 작동하는 모양이라 다음과 같이 바꿨습니다.
FOR /R %%f in (*.svs) do "C:\Users\사용자\AppData\Local\QuPath-0.3.0\QuPath-0.3.0 (console).exe" convert-ome -p -d 1.91 -y 4 %%~nf.svs %%~nf.tif