박문형 2023-05

그럭저럭 꽤 오래된 제품들이고 둘 중에 그나마 많이 팔린 것이 인텔 제온인지라 인텔 제온을 알아 보는 것이 좋아 보입니다..

그런데 70 가지고 원하시는 시스템 하나 만드는게 될지는 개인적으로 볼 때 의문입니다..

대용량 데이터를 다룰려면 대용량 메모리와 대용량 및 빠른 스토리지가 필요합니다..

pjhspica 2023-05

고등학생인지라 r&e같은 연구 지원 없이 사비로 할려니 70이상은 힘들더라여.. 답변 주셔서 감사합니다

구차니 2023-05

현재 사용중인 시스템에서 메모리 업그레이드는 고려 불가능한가요?

트니아빠 2023-05

R을 사용할려면 메모리입니다.

박문형 2023-05

원하시는 메모리 용량이 정해지면 사양이나 어떤 시스템을 사용할지 정하는데 도움이 됩니다..

pjhspica 2023-05

메모리는 64gb정도로 생각하고 있어요

하셀호프 2023-05

https://www.2cpu.co.kr/sell/532961?&sfl=wr_subject&stx=cisco&sop=and
이거 어떨까요
성능은 충분하겠지만 소음이 심할 것이라 생각합니다

박문형 2023-05

64GB면 메모리 슬롯이 4개되는 워크스테이션 노트북 아니면 힘들 것이고

DDR4베이스의 메모리 슬롯 4개되는 일반적인 데스크탑이면 어느 정도 실현 가능성이 있습니다..

물론 M.2 NVME 슬롯이 있어야 조금은 편하죠..

김우진 2023-05

64GB 정도면 웬만한 프로그램 그럭저럭 돌아갈겁니다. 저는 예전에 SDD 대중화 되기도 전에 X58 보드에 램 48GB으로 웬만한 분석 할건 다 했었습니다. 느려서 문제였지만요. 현재 진행중인 프로젝트가 있는 건가요? 순전히 공부 목적으로 하신다면 저라면 컴 사양에 부담 안되게 인간 유전체 말고 초파리 데이터부터 가져다가 주물러 보겠습니다. 그리고 STAR를 언급하셨는데, 매핑 프로그램도 목적에 따라 특색이 있어서요... BWA, Bowtie2, Kallisto, Salmon 등등 여러가지가 있는데, 결국은 쓰는 것만 쓰게 되더군요. 그런데 생물정보학 하다 보면 결국 여러 시나리오에 적절한 각종 프로그램을 검증하고 파이프라인 만드는게 일이더라구요. 펄이나 파이썬 많이 쓰던데... 그런데 아무래도 각종 프로그램 개발이 아니라 실전에 이용하는 경우가 더 많다 보니 주변에 생물정보학 하는 분들 보면 컴공 기반이 아니라 생물학 기반으로 시작하신 분들이 더 많아 보입니다. 실전에서는 논문으로 검증된 프로그램들만 가져다 쓰게 되고, 분석 결과 재가공이 더 중요해서... 생물학 공부도 열심히 하세요. 그리고 나중에 이것저것 하다보면 결국은 메모리 확장성이 관건입니다. 언급하신 보드 모두 램슬롯이 8개라는 전제 하에, 저라면 요즘 저렴해진 서버용 DDR4 32GB램을 쓸 수 있는 제온 듀얼로 갈것 같습니다. 시퀀스 어셈블리까지 하다보면 램 512GB도 모자랄때가 가끔 있어요.

pjhspica 2023-05

조언 주셔서 감사합니다! 현재 공부도 하고 alzheimer 에서 apoe관련 ren seq데이터를 가지고 deg를 분석해서 gene network를 만드는게 목표인데 확실히 향후 사용까지 고려한다면 제온쪽이 좋을 것 같네요

김우진 2023-05

여러대의 제온, 에픽, 쓰레드리퍼 컴을 생물정보 분석용으로 사용해 본 바로는 AMD나 제온이나 차이 없습니다. 돈만 많으면 저는 에픽이나 쓰레드리퍼 프로 쓰고 싶습니다.

박문형 2023-05

저는 생물정보학은 모릅니다..

그래서 어떤 프로그램을 사용하는지는 잘 모릅니다..

그러나 대략 생물쪽에 관련된 프로그램들은 거의 무조건 최고와 최대가 필요한 것 같더라고요..

저런 특수용도 프로그램은 AMD에서 돌릴때 더 잘 돌아가더라 인텔에서 돌릴때 더 잘 돌아가더라

1개의 코어가 느려도 여러개의 코어인 시스템에서 훨씬 잘 돌아가더라 (최소 코어 갯수가 몇개 이상 아니면 프로그램이 안돌아가더라)

실제 프로그램돌리면 그 프로그램 자체가 코어 4개 이상을 사용하지 않기에 무조건 클럭 높은 시스템이 최고더라

라는 일종의 프로그램 마다 특성이 있는데

생물쪽은 그런 특성이 최대의 코어와 최고의 속도와 최대의 메모리 라는 느낌이 강합니다..

그래서 연구소 같은 곳에서는 클러스터링 시스템 까지 구축하는 것이겠죠..

그나마 개인이 구축할 수 있는 시스템 중에서 코어도 많은데 코어당 클럭속도가 높은 CPU는 제가 보기에는 쓰레드 리퍼 입니다..

AMD 쓰레드 리퍼나 AMD EPYC 는 실제 같은 세대 급이면 이름과 소켓만 조금 다를뿐 거의 같습니다..

문제는 쓰레드리퍼든 EPYC이든  재대로 꾸밀려면 새 것의 경우 돈천만원은 쉽게 날라간다는 것이죠..

pjhspica 2023-05

조언을 주신 모든 분들께 정말 감사합니다! 혼자서 고민하니 막막했는데 조언도 받고 하니 조금씩 윤곽이 잡히고 있네요.

제온프로 2023-05

26xx v4 dual cpu 더 좋습니다.

참고로
렌더팜 운영에
인텔 E5-2699 V3 2CPU 와
AMD 쓰레드리퍼 3960X 랑 비슷합니다.
메모리는 256GB 이상으로 하세요.

김우진 2023-05

제가 쓰는 리눅스 웍스 중에 E5 제온 듀얼 (델 T7910), 제온 골드 6140 듀얼 (T7910), 조립 에픽 7352 싱글, 조립 쓰레드리퍼 3960X 이렇게 있는데,
2690v3 듀얼 = 2680v4 듀얼 << 제온골드 6140 듀얼 = 에픽 7352 싱글 < 쓰레드리퍼 3960X 순서입니다. 터보 작동이 생각처럼 안 움직일때도 있긴 한데, 어쨌건 뎔국은 cpubenchmark.net 에 나오는 점수가 거의 맞는것 같아요.
솔직히 이제는 가성비 아니면 소켓 2011-3  제온 듀얼은 좋은 선택은 아니예요. LR-DIMM 호환성 문제도 더러 있구요.
언버퍼램으로 256GB 까지만 가능한게 젠2 쓰레드리퍼의 단점일 뿐, 아직까지는 꽤 쓸만합니다.