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부가가치세 납부 세액은 사업자가 공급한 재화 또는 용역에 대한 ‘매출세액’에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역을 공급받을 때 부담한 ‘매입세액’을 공제하여 계산합니다.

따라서 재화 또는 용역을 공급받을 때 부가가치세를 부담했다 하더라도 사업과 관련이 없거나 세금계산서에 의하여 입증되지 않는 경우에는 매입세액으로 공제받지 못합니다.

매출세액에서 공제받지 못하는 매입세액은 다음과 같습니다.

1) 매입처별세금계산서합계표 미제출·부실기재 분

매입처별세금계산서합계표를 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하지 아니한 경우의 매입세액, 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재 사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니합니다.

다만, 수정신고·경정청구·기한 후 신고와 함께 제출하거나 경정 시 경정 기관의 확인을 거쳐 제출하는 경우에는 매입세액으로 공제받을 수 있습니다.

2) 세금계산서 미수취·부실기재 분

세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니합니다.

다만, 다음의 경우에는 매입세액으로 공제받을 수 있습니다.

• 사업자등록을 신청한 자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 당해 사업자의 주민등록번호를 기재하여 발급받은 경우

• 필요적 기재 사항의 일부가 착오로 기재되었으나 그 밖의 기재 사항으로 보아 거래 사실이 확인되는 경우

• 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

• 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

3) 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4) 비영업용 소형 승용 자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 

비영업용 소형 승용 자동차라 함은 운수업에서와 같이 직접 영업에 사용하는 것이 아닌 자동차로서 주로 사람의 수송만을 목적으로 제작된 자동차를 말하며, 렌터카를 임차하여 비영업용으로 사용하고 지불한 대가 및 그 유지에 관련한 매입세액도 공제되지 아니합니다.

5) 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액

6) 면세사업 및 토지관련 매입세액

부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 매입세액 및 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니합니다.

7) 사업자등록 전 매입세액

사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록신청한 경우 그 과세기간 내 매입세액은 공제받을 수 있습니다.

위에서 살펴본 바와 같이 사업과 관련이 있는 매입세액이라 하더라도 공제받지 못하는 경우가 있으므로 세금계산서를 발급받을 때는 이에 유의하여 불이익을 받지 않도록 해야 합니다.

[출처] 매입세액이 공제되지 않는 경우를 정확히 알고 대처하세요!|작성자 누리우리